食品等における残留農薬等のポジティブリスト制度は、食品衛生法の改正により平成１８年５月２９日より施行されました。
一般に「ポジティブリスト」とは、原則禁止された状態で、使用を認めるものについてリスト化するもので、食品衛生法においても、基準が設定されていない農薬等が一定量を超えて残留する食品の販売等を原則禁止するものとなっています。
一方飼料における残留農薬規制は、飼料安全法及び省令により６０種類が規制の対象となっています（飼料の場合は規制される農薬がリストアップされているので「ネガティブリスト」となります）。

農林水産省通知により、以下のカビ毒が規制の対象となります。

1. アフラトキシンB1

   0.02ppm：配合飼料（牛用（哺乳期子牛用及び乳用牛用を除く）、豚用（哺乳期子豚用を除く）、鶏用（幼すう用およびブロイラー前期用を除く）、うずら用
   0.01ppm：配合飼料（哺乳期子牛用、乳用牛用、哺乳期子豚用、幼すう用、ブロイラー前期用）

2. ゼアラレノン

   1.0ppm：家畜に給与される飼料

3. デオキシニバレノール

   1.0ppm：家畜等（生後３ヶ月以上の牛を除く。）に給与される飼料
   4.0ppm：生後３ヶ月以上の牛に給与される飼料

農重金属農林水産省通知により、以下の重金属が規制の対象となります。

1. 鉛

   3.0ppm：配合飼料、乾牧草等
   7.5ppm：魚粉、肉粉、肉骨粉

2. カドミウム

   1.0ppm：配合飼料、乾牧草等
   2.5ppm：魚粉、肉粉、肉骨粉

3. 水銀

   0.4ppm：配合飼料、乾牧草等
   1.0ppm：魚粉、肉粉、肉骨粉

4. ひ素

   2.0ppm：配合飼料、乾牧草等
   7.0ppm：魚粉、肉粉、肉骨粉

平成13年9月のBSE発生以降、牛に対しては特定のものを除く動物性蛋白質及び動物性油脂の利用が禁止されました。 また特定の動物性蛋白質や動物性油脂は、鶏・豚・養魚用に対しても利用が禁止・制限されています。
また、平成１７年４月１日以降、反すう動物用飼料の製造工程とそれ以外の飼料の製造工程の分離が法的に規制されました。
さらに、平成１５年９月には「反すう動物用飼料への動物由来たん白質の混入防止に関するガイドライン」が制定され、飼料の流通上における交差汚染を防止するために、反すう動物用飼料の取扱場所、製造・保管施設、輸送車両の専用化や、製造・保管施設等の洗浄、飼料業務管理規則の備付け等が実施されることとなりました。